Al final de buscar encontré la solución para que me mostrara correctamente los documentos xml que generaba para usarlo en flash y en ajax.
Para Firefox y internet explorer agregar a la cabecera
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También se puede agregar en php la cabecera
header('Content-type: text/xml;charset=ISO-8859-1');
....?>
Pero solo me funciono en firefox. Espero que le sirva esto.
Saludos